厦门市第三医院神经内科为福建省临床重点专科、国家综合卒中中心、全国脑血管防治办微创组协作科室、全国百家“优秀数据管理卒中中心”、厦门市规划重点专科、厦门市“最有人情味”科室。

科室创建于2004年，编制床位60张，实际开放80张，拥有两个病区，有医护人员46名，其中主任医师3名，副主任医师7名，博士、硕士研究生10名；其中，教授1名，副教授1人，硕士研究生导师2人；省市高层次人才各1人，厦门市同安区第五批、六批专业技术拔尖人才1人；国家级专科学会委员2名，省级专科学会委员3名，市级专科学会主委、副主委4名、常委4名。

神经内科常规开展脑血管病救治、头晕和眩晕、痴呆、脑炎与脑膜炎、睡眠障碍以及神经系统的疑难杂症的诊断与治疗等特色技术项目，开设卒中筛查和随访、头晕和眩晕、头痛、帕金森病、痴呆、神经心理、癫痫、周围神经病、失眠等专病门诊。

脑血管病（中风）救治、脑炎及老年退行性疾病的诊治水平在区域优势明显。卒中中心开通了“脑卒中绿色通道”，为急性缺血性脑梗死患者建立了一条“生命通道”，熟练开展静脉溶栓、动脉溶栓以及颅内外动脉狭窄支架植入术、脑动脉取栓术、慢性颅内血管闭塞开通术等神经血管介入技术，大大降低了病人的死亡率和致残率。

近年来，科室人员以第一作者或通讯作者发表高质量SCI论文20余篇，其中，中科院一区以上SCI论文9篇，主持省级课题2项。